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Pfeifenberger begann seine Karriere in der Jugend des USV Zederhaus. 1987 machte er mit 56 Saisontreffer für den Unterhaus-Klub auf sich aufmerksam und so holte ihn der damalige SV Austria Salzburg Trainer Hannes Winklbauer in die Landeshauptstadt. Nachdem er in seiner ersten Saison als Profi mit den Salzburgern den Aufstieg in die 1. Division schaffte wechselte er zu SK Rapid Wien. Mit den Wienern erreichte er 1990 (gegen FK Austria Wien) & 1991 (gegen SV Stockerau) das ÖFB-Cup-Finale, unterlag aber beide male den Gegnerischen Teams. 1992 kehrte er nach Salzburg zurück und erlebte seine erfolgreichste Zeit als Fußballer.

Er wurde zweimal österreichischer Meister und Supercupsieger in den Jahren 1994 und 1995. Dazu erreichte er das UEFA-Cup-Finale 1994 gegen Inter Mailand, sowie die Gruppenphase der UEFA Champions League 1995. Weiters wurde er 1994 Torschützenkönig der österreichischen Bundesliga gemeinsam mit Nikola Jurcevic.

Nach diesem sportlichen Höhenflug wechselte er 1996 and die Weser zu Werder Bremen. Pfeifenberger spielte zwei Jahre in Deutschland, ehe er 1998 nach der WM in Frankreich nach Österreich zurückkehrte. Er hängte noch sechs Jahre bei Salzburg an, ehe er seine Karriere beendete. In diesen Jahren war das ÖFB-Cup-Finale 2000, ein 3. Platz in der Bundesliga und die Teilnahme im UEFA-Cup (Spiele gegen Udinese Calcio und AC Parma) die größten Erfolge.
Für die Frühjahrs Saison 2007 spielte er kurzzeitig für den SV Seekirchen 1945 in der Regionalliga West und wechselte sich als Trainer beim SV Grödig im Herbst 2007 auch selbst zweimal ein.

Für die österreichische Fußballnationalmannschaft debütierte er am 23. August 1989 im Spiel gegen Island. Dabei konnte er im Stadion Lehen in Salzburg gleich sein erstes Tor für Österreich erzielen. Er nahm an den Fußball-Weltmeisterschaften 1990 in Italien und 1998 in Frankreich teil. Während er in Italien nicht zum Einsatz kam, durfte er in Frankreich alle drei Gruppenspiele gegen Kamerun, Chile und Italien absolvieren. Sein letztes Spiel für Österreich bestritt er am 19. August 1998 im Wiener Ernst-Happel-Stadion gegen den amtierenden Fußball-Weltmeister Frankreich.

Nach seinem Karriereende legte Pfeifenberger ein Jahr Pause ein und war danach von 2005 bis 2007 als Jugendkoordinator bei FC Red Bull Salzburg tätig. Für die Saison 2007/08 wurde er als Trainer des SV Grödig bestellt. Mit den Grödigern schaffte er auf Anhieb den Aufstieg in die Erste Liga, wurde aber in der Folgesaison nach mäßigen Erfolgen von Miroslav Bojceski ersetzt. Andreas Herzog holte ihn gemeinsam mit Otto Konrad zur österreichischen U-21 Nationalmannschaft von Österreich, wo er als Co-Trainer fungierte.

Anfang 2010 übernahm er für kurze Zeit das Traineramt bei SPG Axams-Götzens, ehe er wieder als Trainer zum SV Grödig wechselte, mit dem er wieder in die Erste Liga aufstieg. Im Dezember 2010 konnte er Otto Konrad als Torwarttrainer zu den Grödigern lotsen. Pfeifenberger verließ den SV Grödig im Frühjahr 2012 nach Unstimmigkeiten mit der Vereinsführung und trat am 30. Mai 2012 die Nachfolge von Peter Stöger als Trainer des Bundesligisten SC Wiener Neustadt an.


Nationalmannschaft
40 Länderspiele für Österreich 9 Tore
2 WM-Teilnahmen (1990 & 1998)

Ligaspiele
243 für Austria Salzburg
117 für Rapid Wien
43 für Werder Bremen

Ligatore
86 für Austria Salzburg
42 für Rapid Wien
5 für Werder Bremen

Erfolge
2x Österreichischer Meister mit Austria Salzburg: (1993/94, 1994/95)
2x Supercup-Sieger mit Austria Salzburg: 1994, 1995
1x ÖFB-Cup-Finalist mit Austria Salzburg: 2000
1x Torschützenkönig (Bundesliga Österreich): 1993/94 (14 Tore wie auch Vereinskollege Nicola Jurcevic)
1x Fußballer des Jahres in Österreich 1994
Elfter in der ewigen Bundesliga-Torschützenliste mit 117 Toren (Stand Jan. 2011)

International:
2x Teilnahmen an Fußball-Weltmeisterschaften: Italien 1990, Frankreich 1998
1x UEFA-Cup-Finale mit Austria Salzburg: 1994 gegen Inter Mailand (0:1,0:1)
1x Champions-League-Teilnahme mit Austra Salzburg: 1994/95

Trainer
2x Meister Regionalliga West (Aufstieg in die Erste Liga) mit SV Grödig: 2007/08, 2009/10

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