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Jürgen Patocka begann seine Karriere beim SC Untersiebenbrunn. Als Spieler in der Regionalliga Ost schaffte er vom Floridsdorfer AC zu Jahresbeginn 2001 den Sprung in den Profifußball. In Vorarlberg kämpfte der Verteidiger nun beim SC Austria Lustenau um den Aufstieg in die Bundesliga und stieg bald zum Kapitän auf. Nachdem Jürgen Patocka 2004 mit seiner Mannschaft als Zweiter nur am FC Wacker Tirol scheiterte, nahm er ein Angebot des Bundesligisten SV Mattersburg an.
Jürgen Patocka war bald eine wichtige Stütze in der Abwehr der Burgenländer und erreichte sowohl 2006 als auch 2007 jeweils mit der Sportvereinigung das ÖFB-Cupfinale, das jedoch in beiden Fällen an die Wiener Austria ging. Als Entschädigung winkte die erste UEFA-Cup-Teilnahme und für Jürgen Patocka die Einberufung in die österreichische Nationalmannschaft. Am 30. Mai 2007 feierte der Innenverteidiger sein Länderspieldebüt gegen Schottland. Er lieferte ein gutes erstes Spiel ab, wobei er das 1:0 von Garry O'Connor durch einen Abwehrfehler mitverschuldete.
Im Anschluss daran folgte ein ligainterner Wechsel zum SK Rapid Wien. 2007/08 gewann er mit dem Verein erstmals die österreichische Meisterschaft. Nach Saisonende wurde Jürgen Patocka in den österreichischen Kader für die Europameisterschaft 2008 einberufen, obwohl in den Vorbereitungsländerspielen 2008 nicht zum Einsatz kam, wogleich er auch bei der EM keinen Einsatz verbuchen konnte.
1 x Österreichischer Meister: 2008
2 x Österreichischer Cupfinalist: 2006, 2007
Nationalmannschaft 5 (0)
Teilnahme:
Fußball-Europameisterschaft 2008
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