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1990 verpflichtete der AC Mailand Giovane Élber von seinem Heimatverein Londrina Esporte Clube aus dem Bundesstaat Paraná, für den er ein Jahr zuvor aktiv war. Nach einer Saison in Italien ohne Spielpraxis wechselte Élber in die Schweiz zu den Grasshoppers Zürich, mit denen er 1994 Schweizer Pokalsieger und Torschützenkönig der Nationalliga A wurde. Zur Saison 1994/95 wechselte er nach Deutschland zum Bundesligisten VfB Stuttgart für den er drei Spielzeiten aktiv war und mit Fredi Bobic und Krassimir Balakov das so genannte Magische Dreieck bildete. Zum Abschluss der Vereinszugehörigkeit gewann er 1997 den DFB-Pokal, wobei er im Finale beim 2:0-Sieg über Energie Cottbus beide Treffer erzielte. Es folgten sechs Spielzeiten beim FC Bayern München, die von zahlreichen Erfolgen - darunter der Gewinn des Weltpokals und der Champions League - gekrönt waren. In seiner letzten Spielzeit bei den Bayern wurde er 2003 mit 21 Toren (gemeinsam mit Thomas Christiansen vom VfL Bochum) Torschützenkönig.

Élber erzielte in der Bundesliga insgesamt 133 Treffer, darunter jenen vom 27. Februar 1999 in der Partie in Rostock, der von der Eckfahne aus verwandelt zum Tor des Monats und später zum Tor des Jahres gewählt wurde. Er war außerdem bis zum 18. August 2007 der brasilianische Fußballer mit den meisten Bundesligaeinsätzen. Seither ist Dedê neuer Rekordhalter. Am 8. August 2006 erhielt Giovane Élber sein Abschiedsspiel für den FC Bayern München. Das Spiel in der Allianz Arena vor 69.000 Zuschauern ging gegen den TSV 1860 München mit 0:3 verloren.

In der Zeit vom 5. Februar 1998 bis 5. September 2001 kam er für die Seleçao trotz großer Konkurrenz zu Ronaldo und Rivaldo dennoch zu 15 Einsätzen, die er mit sieben Toren krönte. Beim CONCACAF Gold Cup 1998, bei dem Brasilien den 3. Platz belegte, absolvierte Élber vier Spiele und erzielte im Spiel gegen El Salvador zwei Tore, obwohl er erst in der 80. Minute eingewechselt wurde.

Mit 31 Jahren wechselte Élber nach Frankreich zum Erstligisten Olympique Lyon, mit dem er 2004 die Meisterschaft und auch den Supercup gewann. Differenzen mit seinem Verein ließen ihn - ablösefrei - in die Bundesliga zurückkehren. Für Borussia Mönchengladbach kam er durch eine anhaltende Verletzungsmisere nur noch sporadisch zum Einsatz. Nach wiederholter öffentlicher Kritik an Trainer Horst Köppel und einer daraufhin verhängten Geldstrafe durch den Verein in Höhe von 10.000 Euro trennten sich Borussia Mönchengladbach und Giovane Élber am 3. Dezember 2005 in gegenseitigem Einvernehmen. Ab dem 2. Januar 2006 - inzwischen nach Brasilien zurückgekehrt - spielte er noch 32 Mal für den Erstligisten Cruzeiro Belo Horizonte, für den 16 Mal traf und den Titel des Staatsmeisters von Minas Gerais errang. Sein letztes Spiel bestritt Élber am 24. September 2006 gegen Fortaleza. Am 18. Oktober verkündete er in einer eigens einberufenen Pressekonferenz das Ende seiner Karriere, als Gründe hierfür gab er chronische Schmerzen im rechten Fußgelenk an. Nach dem Tode seines Vaters beendete er am 18. November 2006 seinen noch bis Jahresende 2006 gültigen Vertrag bei Cruzeiro Belo Horizonte vorzeitig.

Am 9. September 2007 wurde bekannt, dass Élber als neuer Spielerscout zu seinem ehemaligen Klub FC Bayern München zurückkehren wird. Er ist hauptsächlich in Südamerika in dieser Funktion tätig.


Erfolge
Schweizer Pokalsieger 1994
DFL-Ligapokal-Sieger 1997, 1998, 1999, 2000
DFB-Pokal-Sieger 1997, 1998, 2000, 2003
Deutscher Meister 1999, 2000, 2001, 2003
Champions League-Sieger 2001
Weltpokal-Sieger 2001
Französischer Meister 2004
Französischer Supercup 2004
Staatsmeister von Minas Gerais 2006

Auszeichnungen
Bester ausländischer Spieler der Saison in der Schweiz 1994
Torschützenkönig in der Schweiz 1994
Tor des Jahres 1999
Torschütze des Monats Februar 1999, Januar 2003
Bundesliga-Torschützenkönig: 2003