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Am 2. November 1892 gründeten sportbegeisterte Studenten einen Sportverein mit dem Kürzel ACOS was für Akademický cyklistický odbor při Literárním a řečnickém kroužku Slavia stand. Die Literaten und Rhetorikervereinigung Slavia wurde aber schon am 14. Oktober 1894 wegen nationaler Tendenzen verboten. Am 31. Mai 1895 wurde der Sportovní Klub Slavia gegründet, die Fußballabteilung folgte am 21. Januar 1896, Slavia ist somit einer der ältesten Fußballklubs Tschechiens. Von 1897 bis 1901 gewann Slavia jedes Jahr die böhmische Meisterschaft. Vom 25. März 1897 bis zum 21. März 1909 war Slavia gegen eine tschechische Elf ungeschlagen und gehörte in dieser Zeit zu den besten europäischen Mannschaften. Diese und die folgenden Jahre waren geprägt durch die Arbeit des schottischen Trainers John William Madden, der die Mannschaft bis 1930 trainierte.

Slavia gewann 1908, 1910, 1911 und 1912 den so genannten Charity Cup (auch: Pohár dobročinnosti), den damals wichtigsten Wettbewerb für böhmische Vereine. 1913 und 1915 gewann Slavia die tschechische Meisterschaft (Mistrovství ČSF).

1925 war Slavia Gründungsmitglied der professionellen 1. Asociační Liga und konnte die erste Saison für sich entscheiden. Nach drei zweiten Plätzen in Folge gewann Slavia die Meisterschaft erneut 1929. In diese Zeit fällt auch die Serie von 27 Spielen ohne Niederlage, die erst im Herbst 1930 beendet wurde. In der Saison 1929/30 verteidigte Slavia den Titel und gewann alle seine 14 Begegnungen. Die Verteidigung des Primats gelang auch 1931. Nach einem zweiten Platz 1931/32 wurde Slavia 1933 zum fünften Mal Tschechoslowakischer Fußballmeister. Auch die nächsten beiden Spieljahre beendete Slavia jeweils auf dem ersten Platz. 1936 ging der Titel nur aufgrund der besseren Tordifferenz an Slavias größten Rivalen Sparta Prag, 1937 wurde wieder Slavia Meister. 1938 wurde Slavia "nur" Vizemeister, triumphierte dafür im Mitropapokal. 1939 reichte es hinter dem ewigen Konkurrenten Sparta erneut nur zum zweiten Platz.

In den fünf Spieljahren während des Protektorats war Slavia die erfolgreichste Mannschaft und gewann die Meisterschaft von 1940 bis 1943 vier Mal in Folge. 1941 und 1942 waren die Rot-Weißen auch im Tschechischen Pokal erfolgreich, der 1940 zum ersten Mal ausgetragen worden war. Im Spieljahr 1943/44 schoss Josef Bican 57 Tore und stellte damit wohl einen Rekord für die Ewigkeit auf.

Am 6. Mai 1945 wurde das Slavia-Stadion und das Vereinsheim von Nationalsozialisten abgebrannt. 1945 gewann Slavia erneut den Tschechischen Pokal, der in jenem Jahr Befreiungspokal (tschechisch: Pohár osvobození) hieß. 1945/46 fand die Liga in zwei Zehnergruppen statt, die jeweils von Sparta und Slavia gewonnen wurden, welche sich in Hin- und Rückspiel im Finale trafen. Sparta gewann mit 4:2 und 5:0. Das Duell der beiden stärksten tschechischen Mannschaften setzte sich auch in den nächsten beiden Jahren fort: 1947 wurde Slavia mit einem Punkt Vorsprung Meister, 1948 triumphierte Sparta aufgrund der besseren Tordifferenz.

An alter Stätte wurde ein neues Stadion errichtet, aber schon Bald wurde der Mietvertrag nicht verlängert. Im Stadtteil Vršovice, im so genannten Eden, fand Slavia ein neues Zuhause.

In diesem Jahr fusionierte Slavia mit Sokol Praha VII und spielte unter dem Namen Sokol Slavia Praha VII. 1949 kam es zu einem weiteren Zusammenschluss, diesmal mit Dynamo Praha (ehemals SKEP Praha), Slavia trat unter der Bezeichnung ZSJ Dynamo Slavia Praha an und wurde nur Fünfter.

Slavia musste im Herbst 1948 drei seiner besten Spieler, Ota Hemele, Jiří Trnka und František Ipser an den ATK Prag abgeben. Den Verein verließen im Winter zudem Josef Bican, Vasil Buchta und Stanislav Kocourek. Auf einen Schlag verlor Slavia so sechs Stamm-, davon vier Nationalspieler.

Der negative Trend setzte sich zu Beginn der 1950er Jahre fort. In der Saison 1950 wurde Slavia nur Siebter. Während der Saison 1951 hatten Spieler der Mannschaft verbotenerweise ein Privatspiel ausgerichtet und wurden daraufhin gesperrt. Das stark ersatzgeschwächte Team stieg ab. In der Zweitligasaison 1952 gelang der sofortige Wiederaufstieg. 1953 wurde der Vereinsname in TJ Dynamo Praha geändert, die Mannschaft musste zum Unmut der Fans in Blau-Weiß spielen. In den nächsten Jahren war Slavia alias Dynamo nur Mittelmaß. 1956 entging Dynamo den Abstieg nur aufgrund der besseren Tordifferenz gegenüber Dynamo Žilina.

Die folgenden Jahre kam Dynamo mit Ausnahme des dritten Platzes 1959 nicht über eine Mittelfeldplatzierung in der Liga heraus. 1961 wurde die Mannschaft letzter und stieg zum zweiten Mal in der Geschichte ab. 1964/65 durfte Slavia zum alten Namen und zu den gewohnten rot-weißen Spielfarben zurückkehren und stieg in die 1. Liga auf.

Am 4. September 1965 kam es nach 17 Jahren wieder zu einem Derby zwischen Slavia und Sparta. Das öffentliche Interesse war enorm, vor 50.000 Zuschauern im Stadion Evžena Rošického trennten sich die beiden Mannschaften 2:2. Slavia, Sparta und Dukla beendeten die Saison mit 33 Punkten, Dukla holte sich aufgrund der besseren Tordifferenz den Titel. Nach mäßigen Jahren war die Saison 1973/74 erfolgreicher. Neben dem Gewinn des Tschechischen Pokals stand auch der dritte Platz in der Liga zu Buche. Der dritte Rang war auch in den folgenden Spielzeiten die maximale Platzierung.

Das Jahr 1991 war ein Meilenstein in der Geschichte Slavias. Der tschechisch-amerikanische Unternehmer Boris Korbel stieg als Investor ein und gründete die Aktiengesellschaft SK Slavia Praha fotbal, nachdem er sich mit Sparta, seinem eigentlich Lieblinsgverein, nicht einigen konnte. Als Trainer engagierte er den erfahrenen Václav Ježek, ein Urgestein Spartas. Korbel pumpte für damalige Verhältnisse unerhörte 180 Millionen Tschechischer Kronen in den Klub und holte für Ablösesummen, die inflationsbereinigt immer noch tschechischer Rekord sind, Spieler wie Dragiša Binić, Radim Nečas oder Wladimir Tatartschuk. In der letzten Saison der Tschechoslowakei 1992/93 wurde Slavia Vizemeister, der in den nächsten Jahren jeweils bestätigt werden konnte. Korbel verließ den Verein zwar im Sommer 1993 nach einem Streit mit dem Gesamtverein um den Stadionausbau, die Grundlagen für den sportlichen Erfolg waren aber gelegt. 1995/96 wurde Slavia überlegen Tschechischer Meister, es war die erste Meisterschaft nach 49 Jahren. Zu den Leistungsträgern der Meistermannschaft gehörten Torhüter Jan Stejskal, die Abwehrspieler Radek Bejbl und Jan Suchopárek, im Mittelfeld Pavel Novotný, Karel Poborský und Vladimír Šmicer sowie Torjäger Robert Vágner. Trainer war František Cipro. Im UEFA-Pokal 1995/96 gelangte Slavia Prag bis ins Halbfinale, wo sich die Mannschaft Girondins Bordeaux geschlagen geben musste. In der Liga wurde Slavia Vizemeister und gewann den Tschechischen Pokal. 1998 wurde Slavia Zweiter, 1999 Dritter, zudem gelang erneut der Erfolg im nationalen Pokalwettbewerb.

2000 und 2001 wurde Slavia erneut Zweiter, 2002 lediglich Fünfter, dafür gelang der Elf ein weiter Sieg im heimischen Pokal. Nach einem zweiten Platz 2003 belegten die Rot-Weißen 2004 nur den vierten Platz. 2005 wurde Slavia erneut Zweiter, 2006 Dritter. Auch 2007 reichte es trotz zwischenzeitlich guter Aussichten nicht für den Meistertitel, abermals musste sich die Mannschaft mit dem zweiten Rang begnügen. In der Qualifikation zur UEFA Champions League 2007/08 besiegte die Mannschaft in der zweiten Runde den slowakischen Meister MŠK Žilina, in der dritten Runde Ajax Amsterdam und erreichte so zum ersten Mal in der Vereinsgeschichte die Champions League. Dort belegte Slavia Prag den 3. Platz hinter dem FC Sevilla und dem FC Arsenal. Einzig Steaua Bukarest konnte man hinter sich lassen. Gegen den FC Arsenal verlor die Mannschaft im Emirates Stadium mit 0:7.

In den letzten Jahren hatte Slavia unter wirtschaftlichen Problemen zu kämpfen und musste die besten Spieler abgeben. Insgesamt fünf Mal bis 2007 scheiterte Slavia in der letzten Qualifikationsrunde zur UEFA Champions League. Ein weiteres Problem war, dass Slavia kein eigenes Stadion hatte. Ins Stadion Evžena Rošického kamen weit weniger Zuschauer als noch ins Stadion Eden, Slavia fehlte ein Heimvorteil wie ihn andere Mannschaften hatten. Nach der Eröffnung der neuen Synot Tip Aréna am 7. Mai 2008 mit einem Spiel gegen den englischen Club Oxford University AFC konnte Slavia am 17. Mai 2008 durch ein 2:2 gegen den FK Jablonec 97 den Meistertitel im neuen Stadion feiern. In der Saison 2008/09 konnte Slavia den Titel bereits zwei Spiele vor Ende der Saison verteidigen.

Trotz der Teilnahme an internationalen Wettbewerben und nationalen Erfolgen gelang es dem Verein jedoch nicht, seine wirtschaftliche Situation zu verbessern. Nach dem Ausstieg Korbels wurde ein Drittel der Vereinsaktien an die britische ENIC Group verkauft, die sich im Gegenzug finanziell am Stadionneubau beteiligte. Nach anhaltenden Differenzen trennten sich die Briten 2006 wieder von ihrem Anteil, stellten Slavia jedoch die bis dahin getätigten Investitionen in Rechnung. Anfang Mai 2011 beliefen sich allein die Verbindlichkeiten gegenüber ENIC auf 4,2 Millionen Euro, gleichzeitig war aufgrund der mittlerweile kompliziert gewordenen Besitzverhältnisse unklar, wer das Sagen im Verein hat. Die Fans reagierten auf das anhaltende Führungschaos mit Stadionprotesten. Es kam sogar zu gewaltsamen Ausschreitungen, in deren Folge das Rückspiel im Pokalhalbfinale gegen Sigma Olmütz nach der ersten Halbzeit abgebrochen werden musste und Olmütz am Grünen Tisch der Sieg zuerkannt wurde.

Zwischenzeitlich wurde zwar mit der Natland Group ein neuer Investor gefunden, der mit einer Finanzspritze dafür sorgte, dass ein Teil der seit Anfang 2011 ausstehenden Spielergehälter gezahlt werden konnte, die Eigentümerstruktur blieb jedoch insgesamt verworren und einer vom ČMFS geforderten Offenlegung der Besitzverhältnisse konnte zunächst nicht nachgekommen werden. Slavia drohten Verlust der Profilizenz und Zwangsabstieg in die Amateurliga. Erst nach der Übernahme weiterer Vereinsanteile durch Natland und der Begleichung von fälligen Verbindlichkeiten konnte am 24. Mai 2011 in einem Berufungsverfahren die Lizenz für die neue Spielsaison gewonnen werden.

Erfolge
Tschechoslowakischer Meister
1925, 1929, 1930, 1931, 1933, 1934, 1935, 1937 und 1947

Meisterschaft Protektorat Böhmen und Mähren
1940, 1941, 1942 und 1943

Tschechischer Meister
1996, 2008 und 2009

Meisterschaft Böhmen
1897 Frühjahr, 1897 Herbst, 1898, 1899, 1900 und 1901

Meisterschaft Mittelböhmischer Gau
1918 und 1924

Meisterschaft ČSF
1913 und 1915

Středočeský pohár
1922, 1926, 1927, 1928, 1930, 1932, 1935 und 1941

Charity Cup (Pohár dobročinnosti)
1908, 1910, 1911 und 1912

Tschechischer Pokalsieger
1941, 1942, 1945, 1974, 1997, 1999 und 2002

Mitropapokal
1938

Intertoto-Cup
1970, 1972, 1977, 1978, 1986, 1992 und 1993