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Am 1. Juli 1894 wurde der Clube de Regatas Botafogo als Ruderclub im Stadtteil Botafogo gegründet und wurde bald einer der erfolgreichsten seiner Art in Rio. Zu dieser Zeit war Rudern der populärste Sport in Brasilien. Auch Flamengo und Vasco da Gama waren zu dieser Zeit als Ruderclubs gegründet worden.

Zehn Jahre später, am 12. August 1904, wurde in Botafogo ein Fußballverein gegründet: der Electro Club. Noch im gleichen Jahr änderte der Verein den Namen in Botafogo Football Club und hatte die gleichen Farben (schwarz und weiß) und das gleiche Emblem, wie der Ruderclub. Der BFC gehörte zu den acht Mannschaften, die 1906 die erste Meisterschaft Rios austrugen und gewann das Campeonato Carioca 1907, 1910, 1912. Weitere Staatsmeisterschaften sollten ab 1930 folgen. 1942 schlossen sich der Fußballverein und der Ruderclub Botafogo schließlich unter dem Namen Botafogo de Futebol e Regatas zusammen.

Die ruhmreichste Zeit hatte Botafogo, als Garrincha, den noch heute Viele in Brasilien für den besten brasilianischen Fußballer aller Zeiten halten, 1953 verpflichtet wurde. Mit Didi, Nilton Santos und Mario Zagallo spielten noch drei weitere Weltmeister von 1958 und 1962 bei Botafogo, Amarildo wurde 1962 als Ersatz für Pelé Weltmeister. Didi wurde 1958 und Garrincha 1962 zum besten Spieler des Turniers gewählt.

Auch die nachfolgende Spielergeneration hatte herausragende Akteure. In der brasilianischen Mannschaft, die 1970 Weltmeister wurde, waren Gérson und Jairzinho herausragende Spieler von Botafogo.

In den 1970er Jahren Begann ein Niedergang des Vereins. Die Stars wurden verkauft, ebenso wie der Vereinssitz, der unter ungeklärten Umständen abgegeben wurde und erst 1993 zurückerworben werden konnte. Mit dem zeitweiligen Wechsel auf die andere Seite der Guanabara Bucht, in die als gerade noch als Vorort von Rio ansehbare Nachbarstadt Niterói, verlor der Verein für viele Fans seine Identität.

1989, 1990 und 1997 gelang Botafogo wieder der Gewinn der Rio-Staatsmeisterschaft. Zwei weitere der größten Erfolge gelangen in den 1990er Jahren. Nachdem 1993 bereits die südamerikanische Copa Conmebol, vielleicht vergleichbar dem europäischen UEFA-Cup, gewonnen wurde, gewann Botafogo 1995 seine erste brasilianische Meisterschaft. 2002 stieg der Verein als Tabellenletzter aus der ersten Liga ab. Im folgenden Jahr gelang der Wiederaufstieg, seither spielt Botafogo zwischen Mittelfeld und Abstiegsrängen und konnte sich aber von 2005 bis 2007 drei Mal in Folge für die Copa Sudamericana, den Nachfolgewettbewerb der Copa Conmebol, qualifizieren.
Botafogo trägt seine Heimspiele dieser Tage im für die Panamerikanischen Spiele 2007 erbauten und nach dem vormaligen FIFA Präsidenten benannten Vielzweckstadion Estádio Olimpico João Havelange. Dieses Stadion, das umgangssprachlich "Engenhão" genannt wird, hat ein Fassungsvermögen von 45.000 Zuschauern.
Wenn notwendig kehren die Fogão aber immer wieder ins weite Rund des Maracanã-Stadions zurück, das mit einem Fassungsvermögen von ca. 103.000 immer noch zu den größten der Welt gehört.

In früheren Dekaden trug der Club seine Heimspiele im Estádio de General Severiano in Botafogo aus, das 20.000 Zuschauern fasste. Das 1913 eingeweihte Stadion fiel 1977 der Spitzhacke zum Opfer.

Wie alle brasilianischen Fußballvereine so hat auch Botafogo sein Maskottchen. Lange Zeit war das die Comicfigur Donald Duck, in Brasilien Paro Donald genannt. 1991 verlangte aber der Walt-Disney-Konzern plötzlich Lizenzgebühren. Die Ente wurde seither offiziell durch das Manequinho, einer Statue vor dem Vereinssitz General Severiano, ersetzt, die eine starke Ähnlichkeit mit dem Brüsseler Wahrzeichen Manneken Pis aufweist, wenngleich Manequinho in Derivaten Abbildungen wenigstens den Oberkörper durch ein Botafogo Trikot züchtig verhüllt und auch ordentliche Fußballschuhe und Stutzen trägt.

Am populärsten ist bei den Fans aber der Hund Biriba, der schon in den erfolgreichen 1940er Jahren treue Dienste leistete und nun die Hoffnung hegt von den Vereinsgewaltigen bald wieder zum offiziellen Glücksbringer ernannt zu werden.

Erfolge

Copa Conmebol: 1993 (Südamerika Champion)

Brasilianischer Meister: 1995

Pokal von Brasilien: 1968

Regionalmeister: Torneio Rio-São Paulo: 1962, 1964, 1966, 1998

Campeonato Carioca: 1907 (gemeinsam mit Fluminense), 1910, 1912, 1930, 1931, 1932, 1934, 1935, 1948, 1957, 1961, 1962, 1967, 1968, 1989 (ungeschlagen), 1990, 1997, 2006 1948, 1957, 1961, 1962, 1967, 1968, 1989 (ungeschlagen), 1990, 1997, 2006.